Стандартними засобами, наприклад через Панель керування, одержати доступ до програми настроювання системи неможливо. Звичайно для доступу до цієї програми використовується команда "Виконати...", доступна з меню "Пуск" або викликувана сполученням клавіш +R. За замовчуванням в Windows Vista команда "Виконати..." схована", Заключний курс самовчителя, "Прикраса Windows Vista", адресований тим, хто хоче, щоб його система виглядала "єдиної й неповторної".

Завдяки цій частині нескладно видозмінити екрани завантаження й вітання, зробити оригінальним Робочий стіл, нестандартним меню "Пуск"... Для впевненої навігації по атласі й ефективному застосуванні реалізованих розроблювачами функцій керування рекомендується спочатку уважно вивчити розділ "Допомога". Без цього організувати комфортну роботу з атласом-довідником буде досить важко. Центральну (і саму більшу по площі) частина основного екрана атласу займає зображення розглянутої користувачем кості або її фрагмент.

Для вибору й вивчення костей кістяка в різних ракурсах і з різним збільшенням (аж до окремих фрагментів) передбачені три роздільні групи кнопок навігації. Група "міні-відео" дозволяє задати підлягаючому вивченню частина кістяка. Група " картинка-відео" ( кнопки-стрілки "нагору долілиць уліво вправо") призначена для обертання зображення обраної частини кістяка у вертикальній і горизонтальній площинах. За допомогою навігаційної групи "додаткові види" можна вказати на частину об'єкта, щоб більш детально познайомитися з нею.

Ступінь деталізації подання частин кістяка різна, вона задана розроблювачами атласу. Реалізований у програмі "Секрети твого кістяка" і описаний вище спосіб організації роботи із тривимірними зображеннями об'єктів виглядає по мірках сучасних вимог морально застарілим. Це й немудро, оскільки продукт англійською мовою був випущений видавництвом Dorfing Kindersley ще в 1996 р. Залежно від обраної частини кістяка синхронно змінюється виведений на робочий екран текст. Для перегляду того, що не міститься на дисплеї, передбачена смуга прокручування з бігунком і стрілками.

Додаткову інформацію, що ставиться до відображуваної частини кістяка, можна одержати в розділі "Цікаві факти" кнопка входу розташована в нижній лівій частині екрана. Тут же є кнопка входу в розділ "Вікторина", що допоможе користувачеві оцінити, наскільки добре він засвоїв содержащуюся в довіднику-атласі інформацію. В основі атласу лежать зображення, отримані фахівцями фірми Primal Pictures у процесі сканування на комп'ютерному томографі костей людського кістяка.